С 2008 года до внедрения кредитной технологии обучения в вузе существовало 3 деканата: деканат лечебного и медико-профилактического факультетов; деканат педиатрического и стоматологического факультетов; деканат иностранного отделения и фармацевтического факультета. В 2008 году стало 2 деканата: по приказу ректора №102 от 26.06.2008 года был создан объединенный деканат лечебного, медико-профилактического, стоматологического, фармацевтического факультетов и факультетов общественного здравоохранения и сестринского дела; и деканат общемедицинского и педиатрического факультетов. В 2010-2011 учебном году деканат был переименован в деканат кредитной технологии обучения (КТО), лечебного, стоматологического факультетов и иностранного отделения. В 2012-2013 учебном году в связи с упразднением специальностей «Лечебное дело» и «Педиатрия», деканаты переименованы в деканат кредитной технологии обучения (КТО), стоматологии и иностранного отделения; и деканат общемедицинского факультета.
C 29.08.2016 года по приказу ректора №194-а был создан Деканат додипломного образования (ДДО), который объединил специальности бакалавриата: «Общая медицина», «Стоматология», «Общественное здравоохранение», «Сестринское дело», «Фармация» и иностранное отделение. Несмотря на дату создания, деканат имеет многолетнюю историю.
Внешняя оценка достижений обучающихся подтверждается успешным прохождением государственной аттестации специальности в 2012 г. и институциональной аккредитации вуза в 2014 г., специализированной аккредитации по всем специальностям бакалавриата в 2015, 2016 гг. Сравнительно высокий процент (88% опрошенных) удовлетворенности работодателей качеством подготовки выпускников программы, а также высокая степень востребованности выпускников бакалавриата, показатель трудоустройства выпускников – более 90% свидетельствует об эффективности целей образовательных программ.
Открыты группы с английским языком обучения для казахстанских студентов: с 2004 года по специальности «Лечебное дело» и «Педиатрия», в последующем по специальности «Общая медицина»; с 2011 года по специальности «Общественное здравоохранение»; с 2014 года по специальности «Стоматология».
В октябре 2016 г. в стенах нашего университета прошел 1-ый Съезд родителей. Такое масштабное мероприятие проводилось впервые только в нашем вузе по всему Казахстану. В работе съезда приняли участие родители студентов всех курсов и специальностей из разных регионов Казахстана, а также из КНР и Индии. Всего на съезд съехались около 200 делегатов.
Студенты университета активно вовлекаются в волонтерское движение на национальном и международном уровне, как один из индикаторов стратегического развития университета. Так, 33 студента в 2017 году вошли в число волонтеров Международной специализированной выставки «Астана ЕХРО 2017».
В 2019 году была изменена структура Университета и согласно плану деканат додипломного образования был реорганизован в Школу медицины.
