Кафедра под названием оперативной хирургии и топографической анатомии была организована в 1955 году. Первым заведующим кафедрой был доцент Я.М. Криницкий.
С 1956 по 1959 гг. кафедрой заведовал доцент В.К. Соболев. С 1959 по 1976 гг. заведующим кафедрой был доцент В.И. Кошкин.
В последующем, с 1976 по 1982 гг. кафедрой заведовал профессор Н.А. Хлопов, ректор Семипалатинского медицинского института.
Под руководством Н.А. Хлопова защищена одна докторская (В.И. Нагибин) и 5 кандидатских диссертаций (А.Б. Буршакбаев, П.С. Сычев, А.З. Дюсупов, Р.М. Арсланов, В.В. Гноевых). С 1982 г. заведующим кафедрой был к.м.н., доцент В.Т. Гончаров.
Большое внимание уделялось учебной работе. Так, в 1982 г. авторами Н.А. Хлоповым, Н.И. Арямкиной, В.Т. Гончаровым, В.И. Нагибиным изданы лекции для студентов по оперативной хирургии с топографической анатомией. По запросам практических врачей кафедра издала монографию: «Топографо-анатомические основы акупунктуры» (авторы Н.А. Хлопов., Ф.Ш. Шарифесланов, Л.С. Рыбаков, В.И. Нагибин, В.Т. Гончаров).
В 1992 г. Издан атлас «Хирургический инструментарий» на государственном и русском языке. В 2001 г. издан курс лекций по оперативной хирургии с топографической анатомией для студентов II- IV курсов (В.Т. Гончаров), атлас «Грыжесечение» на государственном языке для студентов II- IV курсов ( Н.Н. Наурызов).
С 2007 г. заведующим курсом был назначен старший преподаватель Нурлан Н.Н.
В 2008 году ответственным за дисциплину назначен Букатов А.К. Выпускник Семипалатинской государственной медицинской академии.
С 2011 г. курс Топографической анатомии и оперативной хирургии объединили с кафедрой Анатомией человека.
В 2018 г. Произошло возраждение кафедры Топографической и клинической анатомии, инициатором которой стал ректор ГМУ г. Семей Жунусов Е.Т. Цель возрождения это улучшение качества знания студентов по клинической анатомии и оперативной хирургии. Кафедру возглавил и.о. заведующий кафедры, магистр Букатов Аскар Кенжебекович.
