Кафедра инфекционных болезней была организована в 1957 году; первым заведующим кафедрой был доцент Бороновский Л.М. После образования педиатрического факультета (1963 г.) создан курс детских инфекционных болезней (1971 г.) при кафедре госпитальной педиатрии с заведующим кафедрой Коган М.Б. Ответственной за курс детских инфекционных болезней была к.м.н. доцент Лопатина Ж.М., ассистентами курса работали: Неустроева И.П., Волоза Р.З., Курманова Б.Р., Уалиханов Т.У., Бекенова М.Е. В дальнейшем курс детских инфекционных болезней был преобразован в отдельную кафедру, которой заведовали: доцент к.м.н. Шабалин В.В., профессор д.м.н. Булаткина З.Г., профессор д.м.н. Архипов Г.С., доцент к.м.н. Курманова Б.Р. На кафедре работали также доцент к.м.н. Сафронов В.Р., д.м.н. Розенсон Р.И., к.м.н. Распопин В.Л., доцент к.м.н. Бекенова М.Е., к.м.н. Аткенов С.Б., Каржаубаева С.Р., Гатауллина Э.З., Набоков Е.В., Кабдуллина Ф.О., Мырзаханова Л.М., Салдырбаева М.О., Шалаганов Ж.Ф., Хамитова М.О., Ваулин С.С., Кумарбекова А.К.
Кафедра детских инфекционных болезней расположена на клинической базе КГКП «Инфекционная больница» города Семей (детский корпус).
Кафедра обладает современной материально-технической базой для проведения качественного учебного процесса с использованием современных инновационных технологий преподавания. На кафедре обучение проводится на трех языках, на разных уровнях: 1) по дисциплине «Детские инфекционные болезни» – на 4 курсе специальность «Общая медицина», в интернатуре по специальностям «Педиатрия» и «Общая врачебная практика», в резидентуре по специальностям «Инфекционные болезни, в т. ч. детские», «Педиатрия», «Анестезиология и реаниматология», «Гастроэнтерология, в т.ч. детская». На клинической базе обучающиеся имеют возможность ежедневно работать с пациентами, осваивая все необходимые компетенции. Одним из этапов промежуточной аттестации интернов и резидентов является сдача клинического экзамена у постели больного.
Сотрудники кафедры регулярно принимают активное участие в Международных, Республиканских научных и методических конференциях и семинарах; проходят обучение в Республике Казахстан, а также в странах ближнего и дальнего зарубежья. В 2007 году ассистент Мансурова А.А. прошла обучение в США «Менеджмент научных исследований». Заведующий кафедрой Эфендиев И.М. в 2011 году обучался в Израиле на цикле повышения квалификации «Изучение вопросов сертификации и лицензирования специалистов». В 2017 году асисстент Кумарбекова А.К. прошла обучение по клиническому направлению в Израиле; в 2018 годы ассистент Сутормина А.В. обучилась в России «Неотложные сотсояния при инфекционных заболеваниях у детей». Сотрудники кафедры прошли обучение по программам ВОЗ: «Стандарты определения случаев особо опасных инфекций», «Интегрированное ведение болезней детского возраста».
На кафедре детских инфекционных болезней выполняется научно-исследовательская работа. Всего было защищено 3 докторских и 17 кандидатских диссертаций, 1 магистерская работа. В настоящее время выполняются одна докторская и одна магистерская работы по специальности «Медицина».
Коллективом кафедры издано более 50 учебно-методических пособий по актуальным вопросам инфекционных заболеваний у детей, опубликовано более 400 научно-методических статей. В период с 2013 по 2018 год под авторством заведующего кафедрой Эфендиева И.М. были изданы клинические протоколы диаоностики и лечения инфекционных заболеваний у детей по 30 нозологиям.
На кафедре функционирует студенческий научный кружок, члены которого участвуют в ежегодной итоговой научной студенческой конференции и конференции молодых ученых Государственного медицинского университета г. Семей, а также в Международных конференциях студентов и молодых ученых. Обучающиеся, представляющие доклады на научной студенческой конференции, ежегодно занимают призовые места. В конкурсе «Лучший выпускник среди медицинских ВУЗ-ов Республики Казахстан» в 2010-2011 учеьном году первое место заняла врач интерн – детский инфекционист Абдикаримова К. (научный руководитель Эфенндиев И.М.)
Сотрудники кафедры детских инфекционных болезней регулярно проводят циклы переподготовки и повышения квалификации для врачей Восточно-Казахстанской и других областей по актуальным вопросам инфекционных заболеваний у детей.
По итогам рейтинга кафедр ГМУ г.Семей за 2015-2016 год в номинации «Лучший заведующий кафедрой» отмечен Эфендиев И.М., «Лучший ассистент» – Сутормина А.В. По итогам научного рейтинга за 2015, 2016 и 2017 годы в номинацию «Лучшие ученые, занимающиеся научно-исследовательской деятельностью» получил заведующий кафедрой Эфендиев И.М. В конкурсе «Лучшая видеолекция» ассистент Мансурова А.А. занимала призовое место.
Профессорско-преподавательский состав кафедры активно участвует в воспитательной работе, организовывает мероприятия, как на уровне вуза, так и города Семей. Заведующий кафедрой Эфендиев И.М., являясь председателем первичной партийной организации «НурОтан» в ГМУ г.Семей, проводит большую работу по патриотическому воспитанию молодежи вуза и г.Семей. Заведующий кафедрой Эфендиев И.М. в период 2005-2007 гг. работал по совместительству деканом педиатрического и стоматологического факультетов СГМА; в период 2010-2012 гг. – декан интернатуры ГМУ г.Семей (по совместительству). Тогда же, в 2011 году интерны – выпускники ГМУ г. Семей по результатам Государственной аттестации стали лучшими интернами среди всех медицинских вузов РК.
Кафедра гордится своими лучшими преподавателями и выпускниками: профессор Архипов Г.С., доцент к.м.н. Бекенова М.Е., доцент к.м.н. Курманова Б.Р.награждена медалью «Адал енбегі үшін», Розенсон Р.И., Распопин В.Л.
По инициативе заведующего кафедрой Эфендиева И.М. силами сотрудников в апреле 2019 года на кафедре была создана мини-библиотека имени доцента Курмановой Б.Р. Фонд библиотеки составляет около 620 учебников, монографий, пособий, журналов, также библиотека оснащена современными компьютерами с выходом в Интернет. Мини-библиотека имени доцента Курмановой Б.Р. выиграла в номинации «Самый лучший дизайн» среди 45 мини – библиотек кафедр НАО МУС в 2019-2020 учебном году.