Фармацевтический факультет открыт в 2003 году. Первым деканом фармацевтического факультета был д.м.н., профессор Мусин Марат Нукенович, который руководил объединенным деканатом иностранного отделения и фармацевтического факультета. С 2008 года по настоящее время деканом факультетов кредитной технологии обучения, факультета «Фармация»  является к.б.н., доцент Оразалина Айнаш Сапаровна.

С 2007-2008 учебного года внедрена кредитная технология обучения по специальности 5В110300 «Фармация» на основании ГОСО РК 3.07-476-2006. Продолжительность обучения – 5 лет. На факультете было сделано 5 выпусков и подготовлено 54 фармацевтов. Выпускникам по специальности «Фармация» присуждается академическая степень – «бакалавр фармации», выдается диплом о высшем базовом образовании с присвоением квалификации – «фармацевт общей практики».