Государственный медицинский университет города Семей поддерживает два международных соглашения  высшими учебными  заведениями зарубежных стран:  с медицинским факультетом университета Нагасаки (Япония), с Хьюстонским Медицинским центром (Техас – США) и центром подготовки врачей-резидентов в г. Талса, Оклахома – США). Государственный медицинский университет города Семей сотрудничает с европейским Банком реконструкции и развития, фонд “Источник – Казахстан» и японский Фонд развития, университет ManavBharti (Индия), ООО «OrangeSmile» (Испания), университет Santosh (Индия), университет Sharda (Индия), Харьковский Национальный Медицинский университет (Украина), словацкий Медицинский университет (Словацкая Республика) и другие.

Университет осуществляет 17 программ международного сотрудничества, основанного на соглашениях, подписанных с международными университетами, 1 запланированной исследовательской программой и 2 научными грантами. Проект запланированной исследовательской программы «Разработка научных технологий для уменьшения медицинских, социальных и психологических последствий атомной радиации и не – радиационные факторы риска населения Казахстана» подготовлен и представлен Министерству здравоохранения Казахстана с полным бюджетом в 771 миллион  тенге.

За последние  шесть лет ученые из университета участвовали в тридцати двух международных научных конференциях, симпозиумах, съездах, проходивших в зарубежных странах и более чем в 90 международных конгрессах, проводимых Казахстане и в странах СНГ. В течение прошедших 10 лет, приблизительно 15 основных Международных конференций были проведены на базе  университета с участием ученых из США, Японии, Индии, России и многих других стран.  Государственный медицинский университет города Семей и Радиационный технологический институт (США), подписали соглашение об открытии  программы обучения на два диплома MSc по “Нано Медицине” и «Ядерной медицинской физике».

Международная научная конференция «Экология. Радиация. Здоровье» ежегодно проходит в Государственном медицинском университете города Семей. Конференцию посещает множество международных экспертов в областях медицины и радиологии. Известные  ученые  университета издают учебники, руководства и рукописи за границей.  В 2010 ГМУ г. Семей был успешно аккредитован Национальным Комитетом по Аккредитации, а Международный эксперт Мировой Федерации Медицинского Образования, профессор ЛайфКристенсен отметил, что университет превышает международные стандарты по 3 пунктам: ранний доступ студентов к клинической практике, поддержка студентов и инновационные образовательные технологии.