Отдел молодежной политики является воспитательным и организационно-исполнительским подразделением университета. На отдел молодежной политики возлагаются функции: осуществлять совместно с органами управления университета мониторинг и прогноз социальных процессов в молодежной среде, их анализ и разработку плана мероприятий; обеспечивать соблюдение прав, изложенных в законодательных актах РК, Законе «О государственной молодежной политике в РК», концепции государственной молодежной политики РК; участвовать в организации и совершенствовании воспитательного процесса в университете, на факультетах, в группах; организовывать смотры, конкурсы, фестивали по направлениям; содействовать развитию молодежного самоуправления, организации содержательного досуга молодежи; проводить работу направленную на сохранение и приумножение традиций Университета, пропаганду его историй, поддержания и дальнейшего роста престижности получения образования в НАО «Медицинский университет Семей»; осуществлять связь с другими молодежными организациями города, области, различными НПО; создавать условия для активного включения молодежи в социально-экономическую, политическую и культурную жизнь вуза; участвовать в реализации мер по оказанию социально – психологической, педагогической, правовой помощи и реабилитации молодых людей, оказавшихся в трудной жизненной ситуации.
Для организации воспитательной работы функционируют молодежные организации, школы и клубы: совет студенческого самоуправления (ССУ); «Жас Отан»; KazMSA; Дебатный клуб «Салауат»; «Абайтану»; АСК; клуб английского языка «Level up»; «Қыз жібек» сырласу мектебі; Enactus; «Focus»; КВН казахская лига; студенческое научное общество при ССУ; художественная самодеятельность; «FAMS»; Студент-Донор;