Балалар жұқпалы аурулары кафедрасы 1957 жылы құрылған; кафедраның бірінші меңгерушісі доцент Бороновский Л.М. болған. Педиатрия факультеті ашылғаннан кейін (1963 ж.) госпитальді педиатрия кафедрасының меңгерушісі Коган М.Б. балалар жұқпалы аурулары курсын құрды (1971 ж.). Балалар жұқпалы аурулары курсына жауапты м.ғ.к. доцент Лопатина Ж.М. болды., курс ассистенттері ретінде: Неустроева И.П., Волоза Р.З., Құрманова Б.Р., Уалиханов Т.У., Бекенова М.Е. жұмыс істеді. Кейіннен балалар жұқпалы аурулары курсы жеке кафедра ретінде құрылды, кафедраның меңгерушілері: доцент м.ғ.к. Шабалин В.В., профессор м.ғ.д. Булаткина З.Г., профессор м.ғ.д. Архипов Г.С., доцент м.ғ.к. Құрманова Б.Р. Сонымен қатар кафедрада доцент м.ғ.к. Сафронов В.Р., м.ғ.д. Розенсон Р.И., м.ғ.к. Распопин В.Л., доцент м.ғ.к.. Бекенова М.Е., доцент м.ғ.к. Құрманова Б.Р., м.ғ.к. Аткенов С.Б., Қаржаубаева С.Р., Гатауллина Э.З., Набоков Е.В., Кабдуллина Ф.О., Мырзаханова Л.М., Салдырбаева М.О., Шалаганов Ж.Ф., Хамитова М.О., Ваулин С.С., Кумарбекова А.К. жұмыс атқарды.
2012-2013 жж балалар жұқпалы аурулары кафедрасының меңгерушісі м.ғ.к., денсаулық сақтау озаты Эфендиев И.М. тағайындалды. Кафедра штатының құрамы: ассистенттер: м.ғ.к. Мансурова А.А., Смаилов Е.С., Ержигитова Э.М., Сальменбаева М.А., Байтулеуова Н.Ж., Сутормина А.В.
Балалар жұқпалы аурулар кафедрасы КМҚҰ Семей қалалық «Жұқпалы аурулар ауруханасы» (балалар бөлімі) клиникалық базада орналасқан.
Кафедра заманауи инновациялық оқыту технологияларын қолдану арқылы сапалы білім беру үрдісін жүргізу үшін заманауи материалдық – техникалық базаға ие. Кафедрада оқыту үш тілде, әр түрлі деңгейде жүргізіледі: 1) « Балалар жұқпалы аурулары» пәні – 4 курс «Жалпы медицина» мамандығы, интернатаруда «Педиатрия» мен «Жалпы дәрігерлік тәжірибе» мамандықтары, резидентурада «Жұқпалы аурулар, соның ішінде балалар жұқпалы аурулары», «Педиатрия», «Анестезиология және реаниматология» мен «Гастроэнторология, соның ішінде балалардағы» мамандықтары. Клиникалық базаларда студенттер күнделікті науқастармен жұмыс істеуге барлық қажетті құзыреттерді меңгеруге мүмкіндік алады. Интерн мен резиденттердің аралық аттестациялау сатыларының бірі науқастың төсегінің жанында емтихан тапсыру.
Кафедра қызметкерлері Халықаралық, Республикалық ғылыми және әдістемелік конференциялар мен семинарларға тұрақты түрде белсенді қатысады; Қазақстан Республикасында, сондай ақ алыс және жақын шетелдерде білімдерін жетілдіреді. 2007 жылы ассистент Мансурова А.А. АҚШ-да «Ғылыми зерттеулер менеджменті» саласы бойынша білімін жетілдірді. Кафедра меңгерушісі Эфендиев И.М 2011 жылы Израильде «Мамандарды аттестациялау және лицензиялауды зерттеу» біліктілігін арттыру циклын оқыды. 2017 жылы ассстент Құмарбекова А.К. Израильде клиникалық бағыт бойынша білім алды; 2018 жылы ассистент Сутормина А.В. «Балалардағы щұғыл жағдайдайлары» бойынша Ресейде білім алды. ДДҰ бағдарламасы: «Аса қауіпті инфекцияларды анықтау стандарты», «Балалар жасындағы ауруларды ықпалдастырып жүргізу» бойынша кафедра қызметкерлері білімдерін жетілдірді.
Балалар жұқпалы аурулары кафедрасында ғылыми зерттеу жұмыстары жүргізіледі. Барлығы 3 докторлық, 17 кандидаттық диссертация, 1 магистрлік жұмыс қорғалды. Қазіргі уақытта «Медицина» мамандығы бойынша бір магистрлік және 1 докторлық жұмыстары жасалуда.
Кафедра ұжымы жұқпалы аурулары маңызды сұрақтар бойынша 50-ден аса оқу-әдістемелік жинақ жасалып, 400-ден аса ғылыми-әдістемелік мақала жарияланды. Эфендиев И.М. басқаруымен 2013 – 2018 жылдар аралығында балалардағы 30 түрлі инфекциялық аурулардың диагностикасы және емдеу клиникалық хаттамалары жасалынды.
Кафедрада жыл сайынғы студенттік конференцияға және Семей медицина университетінің жас ғалымдарының конференциясына қатысатын студенттердің ғылыми үйірмесі бар. Ғылыми студенттік конференцияда баяндама қорғайтын студенттер жыл сайын жүлделік орындарға ие болады. «ҚР медициналық ЖОО арасында үздік түлек» конкурсында 2010-2011 оқу жылында интерн – дәрігер-балалар инфекционисті Абдикаримова К. бірінші орын иеленді (ғылыми жетекшісі Эфендиев И.М.)
Балалар жұқпалы аурулары кафедрасының қызметкерлері ШҚО және басқа облыстар дәрігерлеріне балалар жұқпалы аурулары маңызды сұрақтары бойынша қайта даярлау және біліктілігін арттыру циклдерін өткізеді. 2015-2016 ж СМУ кафедралар рейтингі нәтижесі бойынша «Үздік кадедра меңгерушісі» Эфендиев И.М., «Үздік ассистент» – Сутормина А.В. номинациясына ие болды. 2015, 2016 және 2017ж. ғылыми рейтинг нәтижесі бойынша «Ғылыми –зерттеу жұмысымен айналысатын үздік ғалым» номинациясына кафедра меңгерушісі Эфендиев И.М. ие болды. «Үздік бейнедәріс» конкурсында ассистент Мансурова А.А. жүлделі орында ие болды.
Кафедраның профессорлық-оқытушылық құрамы белсенді түрде тәрбие жұмысына қатысады, ЖОО және қала деңгейінде іс-шаралар ұйымдастырады. Кафедра меңгерушісі Эфендиев И.М СМУ біріншілік «Nur Otan» партиялық ұйымының төрағасы бола отырып, СММУ және Семей қаласы жастарына патриоттық тәрбие жұмыстарын ұйымдастырады. Кафедра меңгерушісі Эфендиев И.М 2005-2007 жж. аралығында СМУ педиатрия және стоматология факультетінің деканы; 2010-2012 жж. – СМУ интернатура деканы жұмысын бірлесіп атқарды. Сол уақытта 2011 жылы СМУ интерн – түлектері Мемлекеттік аттестация нәтежиесі бойынша барлық ҚР медициналық университеттерінің арасында ең үздік интерндер атанды.
Кафедра өзінің ең үздік оқытушыларымен және түлектерімен мақтанады: профессор Архипов Г.С., ., доцент м.ғ.к.. Бекенова М.Е., Розенсон Р.И., Распопин В.Л., доцент м.ғ.к. Құрманова Б.Р. «Адал енбегі үшін» медалімен марапатталды.