А.А.Қозбағаров атындағы Перинатология кафедрасы алғаш рет 1956 жылы Акушерия және гинекология кафедрасы ретінде құрылған. Кафедраның негізін қалаған және 20 жыл бойы жетекшілік еткен Қазақстан Республикасына белгілі, жоғары дәрежелі маман, мғк, доцент Алаш Ахметжанович Козбагаров (1917-1996). Ол Семей жерінде фельдшер А. Козбагаров отбасында дүниеге келген.
Алаш Ахметжанович 1934ж. Талды-Корған қ. Медициналық рабфакта оқуын аяқтағаннан кейін, Алматы қ. мединститута студент болып қабылданды және оны 1939ж. сәтті аяқтап шықты. Ұлы Отан соғысының ардагері, екі мәрте «Красная звезда» орденімен марапатталған.
Қарулы күштер қатарынан демобилизацияланғаннан кейін 1948ж. бастап дәрігер акушер-гинеколог болып жұмысын бастады. Семей қ. №1 перзентханасының бас дәрігері болды. 1957ж. кандидаттық диссертациясын сәтті қорғады. 78 баспа жұмыстарының және 14 рационализаторлық ұсыныстардың авторы. А.А Козбагаров медициналық қызметкерлерді дайындағаны үшін «Знак почёта» орденімен марапатталды.
1976 жылдан 1983 жылға дейін кафедра меңгерушісі доцент М.Г Василевский болды, қысқа уақыт аралығында кафедрада жетекшілік еткен доцент К.А Оглоблин және А.А. Хабижанова. 1976 жылдың желтоқсан айынан акушерия және гинекология кафедрасында м.ғ.к, Семей қ. ММУ профессоры Г.Ж Кайлюбаева қызмет атқарды. 1988-1999 және 2004-2017 жылдар аралығында кафедра меңгерушісі болды.
Семей қ. ММУ профессоры Г.Ж Кайлюбаева Семей медициналық институтының түлегі, И.М Сеченов атындағы 1 ММИ жанындағы аспирантураны аяқтап, кандидаттық диссертациясын сәтті қорғап шықты. 160 ғылыми жұмыстардың авторы, оның ішінде 5 монография, 2 патенттің бірлескен авторы. ҚР МҒА жұмыс тобының құрамында ҚР медициналық оқу орындарына арналған РЗ/ПС Ұлттық оқу бағдарламасын дайындады. ҚР ДСМ Құрмет Грамотасымен, «ҚР денсаулық сақтау үздігі» төс белгісімен және «Шапағат» медалімен маратпатталды.
Құрылған кафедраның алғашқы қызметкерлерінің брі болған Л.В. Квятковская, 23 жыл бойын кафедра ассистенті болып жұмыс атқарды. А.А. Хабижанова кафедраның бірініші клиникалық ординаторы болды, 25 жыл бойы – кафедра ассистенті. Әртүрлі уақыт аралығында кафедрада жұмыс істеген доцент В.М Ищанова, доцент Г.П Медведицин, доцент Г.М Воронцова, доцент Н.Н. Захарова, доцент М.С. Желпакова, доцент С.А.Кабылова, к.м.н, ассистент Р.Т Валитов, ассистенттер А.А.Арсланова, М.Ж Альсеитова, Н.А Жумагельдина, Нургалиева Р.К. және Е.М. Тетерюков, Г.С. Сарсенбаева, Б.Ж. Сатубалдинова, Г.Н. Баймусанова.
2011ж. Семей қ. ММУ бұйрығына сәйкес кафедра екіге бөлінді: дипломға дейінгі білім беру бойынша акушерия және гинекология кафедрасы және постдипломдық мамандарды даярлау бойынша акушерия және гинекология кафедралары құрылды.
2017-2018 оқу жылы кафедраны4 оқытушылық құрамы және кафедра атауы өзгерді: «А.А.Козбагаров атындағы перинатология кафедрасы», акушерия, гинекология және неонатология сияқты пәндер оқытылады. Бүгінгі таңда кафедраның профессорлық-оқытушылық құрамына кіреді: каф.меңгерушісі м.ғ.к. Г.К. Манабаева, оқу ісінің меңгерушілері С.С. Алимбаева, А.Д.Абдрахманова, ассистенттер м.ғ.м. Г.М.Мысаева, м.ғ.м Б.А.Алибекова, Э.К. Алимханова, Г.М. Егежанова, Г.А. Кумарова, З.К. Жаксылыкова, Д.Е.Тулеуова, Г.Ж. Саркучикова, С.Ш.Мыктыбекова. Кафедра лаборанттары А.Б. Атымбаева, В.Т. Сабитова.
Кафедрада 3 және 4 курс ЖМФ, 3 курс стоматология факультеті және 4 курс МІ студенттеріне сабақ жүргізіледі. Кафедраның оқу базалары ПО корпус №2, «Жамиля» мекемесі, №2 қалалық аурухана. Оқыту мемлекеттік, орыс және ағылшын тілдерінде жүргізіледі.
Кафедрада магистрантрардың және Ph-докторанттардың дайындығы жүргізіледі. Өткен жылдары Даулетьярова М.А. сәтті дайындық өтіп, Ph-докторлық диссертация қорғады.
Кафедра қызметкерлері тәжірибелік денсаулық сақтау саласына жаңа перинатологиялық технологияларды енгізіп, олардың тиімділігін бағалаумен айналысады. Жыл сайын кафедраның профессорлық-оқытушылық құрамымен акушерия және гинекологиядағы өзекті тақырыптарға алыс және жақын шетелдерде монографиялар, мақалалар, тезистер жарияланады. Тәжірибелік дәрігерлерге, интерндер және студенттерге арналған оқу-әдістемелік құралдар шығарылады.
Кафедраның жас ғалымдары акушерия, гинекология және неонатологиядағы өзекті мәселелер бойынша сұрақтарды дамытумен айналысады. Жыл сайын студенттік ғылыми конференцияларда кафедрамен ұсынылған баяндамалар республикалық және халықаралық конференцияларда жүлделі орындарға ие болады.
Кафедраның оқытушылық құрамы акушер-гинеколог дәрігерлерге, БМСК дәрігерлері мен акушеркаларға репродуктивті денсаулықты қорғау, жанұяны жоспарлау және нәтижелі перинатальды технологиялар бойынша аймақтық семинарлар өткізеді. Кафедрада дәрігерлердің біліктілігін жетілдіру бойынша тақырыптық циклдер өтеді.